A mano libera – Sono elementi tecnici e formali, così come la presenza di numerose correzioni in corso d'opera, ad aver permesso l'attestazione dell'autografia del Sacrificio di Isacco di Modena, oggi a Varese. I pentimenti nella mano armata di coltello di Abramo e altri caratteri stilistici avevano suggerito a Maurizio Marini, sin dall'89, la possibilità che, opportunamente rimosse le ossidazioni in superficie, il dipinto potesse rivelarsi l'autografo fino ad allora irreperibile. Che Caravaggio proceda, nella sua invenzione di artista, a mano libera, vale a dire senza cartoni o graticcio, è attestato dalla sovrapposizione, in trasparenza, delle due opere (Johnson e Modena). E a proposito di confronti e di recenti scoperte, così scrive Sir Denis Mahon in Prefazione al volume Michelangelo da Caravaggio. La notte di Abramo: "Dopo il recupero al Caravaggio della "Vocazione dei Santi Pietro e Andrea", appartenente alla Royal Collection di Hampton Court Palace, quello della presente versione notturna del Sacrificio di Isacco è un altro momento della riflessione sulla concezione pittorica del grande artista lombardo e del suo modo di interpretare se stesso nell'occasione della replica autografa".
Copie, doppi e variazioni – Confronti somatici di modelli e di tipologie compositive sono le altre frecce a disposizione nella faretra del critico per proporre e dimostrare attribuzione e datazione di un'opera. Secondo Maurizio Marini, numerosi sono i confronti tra l'opera conservata a Modena e altre celebri dipinti del Merisi come l'Amore Vincitore di Berlino, il San Giovanni Battista della Pinacoteca Capitolina o ancora il Sacrificio di Isacco di Firenze (commissionato dal cardinale Maffeo Barberini, futuro papa Urbano VIII) e il Narciso di Palazzo Barberini. Sempre secondo il Marini, il modello del Sacrifico degli Uffizi compare nel San Giovanni Battista che Caravaggio dipinge nel 1602 per Ciriaco Mattei, in occasione della nascita del primogenito Giovanni Battista. Sotto le spoglie di Amore Vincitore è ancora lo stesso modello adolescente a esprimere il personaggio che quindi dovrebbe essere stato eseguito nel 1602. Nondimeno l'Isacco delle due versioni (Johnson e Modena) offre altre connessioni cronologiche che rinviano allo stesso 1602. Molteplici sono "i casi di doppi sconcertanti per la reciproca difformità nonostante l'accertata concomitanza esecutiva: le due pale e il laterale destro di San Luigi dei Francesi, San Matteo e l'angelo, il Martirio di San Matteo, e le altre di Santa Maria del Popolo, la Conversione di Saulo e la Crocifissione di San Pietro. La loro reinvenzione ed esecuzione nel corso di brevi archi di tempo hanno indotto talvolta a porre in dubbio, l'inoppugnabile realtà filologica attestata dai documenti".