L'antologica – Fu una mostra completa, una vera e propria antologica, dovuta al rigore del suo curatore, Guido Ballo, quella allestita a Villa Mirabello nel 1985 per volontà dell'amministrazione varesina. Sull'onda di iniziative espositive che da qualche anno, complice l'operatività dell'assessore Salvatore Caminiti – complice anche Giovanni Testori – stavano riportando ai Musei Civici, diretti allora da Silvano Colombo, il gusto per mostre di una certa importanza, la scommessa sugli investimenti culturali, non necessariamente ma soprattutto legati alla valorizzazione delle risorse artistiche native o adottive. Il Cairo, Guttuso, tra le più qualificate, poi a metà degli anni Ottanta, quella dedicata a Fontana, origini comabbiesi per parte di padre e a Comabbio ritiratosi negli ultimi anni di vita per motivi di salute.
L'introspezione – Una mostra completa, un centinaio di opere, quella messa in piedi da Ballo che comportò poco meno di un anno di lavoro da parte del museo. Una rassegna che andava ad insinuarsi con competenza negli anfratti più nascosti dell'opera lunga del maestro, con lavori provenienti da collezioni private, musei nazionali e stranieri, il grande sforzo della appena nata Fondazione Lucio Fontana; capace di offrire al pubblico varesino e non solo, la ricostruzione di alcuni storici "ambienti spaziali" e la ricostruzione del bozzetto realizzato dall'artista per il concorso della quinta porta del Duomo di Milano.
La raccolta Crippa – Bisogna attendere un'altra decina d'anni per rivedere opere di Fontana in mostra in spazi espositivi nel varesotto. L'occasione la crearono il nuovo direttore dei Musei Civici Flaminio Gualdoni e l'assessore Gottardo Ortelli che allestirono una mostra di disegni fontaniani compresi tra gli anni Venti e gli anni Quaranta, di provenienza della ricca collezione Crippa per le cure di Paolo Campiglio. Una mostra che preludeva alla cessione in comodato di alcuni di questi fogli, da lì in poi, conservati al Castello di Masnago, oggi purtroppo non visibili e chiusi in deposito.
La ceramica miliare – Di disegni si tratta, e della stessa collezione, la mostra che nel 2004 viene preparata dai fratelli Robustelli alle Fornaci Ibis, ancora sulla scorta di una tesi di laurea di Stella Ranza, nipote del collezionista. La scommessa forse più insidiosa è invece la mostra "Lucio Fontana. Attraversando la materia", allestita nel corso dell'estate del 2006 dal Museo Floriano Bodini di Gemonio teso, a partire da quel frangente, a rinnovare la propria linea espositiva muovendo dalle specificità dei materiali artistici. Nell'occasione, la ceramica, su cui Fontana, per tutta la sua parabola, ha avuto da dire parole miliari.
L'intimità del sapiente – Da Ghiggini, infine. Nello stesso anno, il 2006, la galleria varesina, in collaborazione con gli Amici del Premio Chiara, omaggia l'arftista, dopo altri amici dello scrittore, Ortelli e Baj, con una piccola ma deliziosa mostra dedicata al Fontana più intimo, alla pratica del disegno, ma anche ai piccoli oggetti famigliari del suo studio, accompagnati da una serie di fotografie realizzate da GianBarbieri, scattate nella casa e nel giardino di Comabbio a dare una dimensione più domestica, del riposo del sapiente. Un ciclo che fa da contraltare a quello più noto di Ugo Mulas che lo fissa, al contrario, per sempre nel gesto ieratico del cruciale taglio alla tela.