Da cappella a cenobio – Negli anni l'edificio mutò la dedica a Gemolo e a partire dal secolo XI divenne un monastero-ospizio, fondato da tre esponenti del clero milanese, Atto, Arderico e Ingizio, che seguiva la regola benedettina.
Da benedettini a cluniacensi – Alla metà del XII secolo la comunità benedettina fu associata all'abbazia di Fruttuaria, cluniacense. C'erano in gioco motivi più che spirituali, ovvero il controllo della fascia alpina. Ma la "casa madre" minò l'indipendenza di Ganna e solo un accordo ricompose il contrasto.
Ma che cosa si intende con il nome di badia? E' presto detto: un complesso architettonico, formato da più edifici, religiosi, come la chiesa, ma anche civili, come le case dei monaci e la foresteria. Fu la posizione particolarmente favorevole, lungo la medievale via Regina del Ceneri, a segnare l'importanza dell'abbazia, che estese il proprio dominio in Valcuvia, Valmarchirolo, Valceresio, Valtravaglia, Bellinzona, Viggiù, Mombello, Malnate.
Il declino – La fortuna della Badia cominciò a declinare dal XV secolo, quando, data la sua ricchezza, fece gola alle nobili famiglie dell'epoca. Fra queste, gli Sforza, che mantennero l'Abbazia per cinquanta anni circa. Nel 1511 un saccheggio e un incendio, appiccato dalle truppe
svizzere, colpirono l'edificio, finchè nel 1556 la Badia fu donata all'Ospedale Maggiore di Milano. Nel corso dell'Ottocento, vennero venduti anche gli edifici.
La rinascita – Furono gli Amici della Badia e la Provincia di Varese a partire dagli anni Settanta del Novecento a recuperare l'edificio. La lunga vita del complesso è confermata dall'architettura della Badia: mura fortificate, torri, il chiostro pentagonale.
La chiesa, databile al secolo XI, venne consacrata nel 1160 dal vescovo milanese Uberto da Pirovano. Semplice nella facciata, rifatta in epoca barocca, è internamente divisa in tre navate, risalenti ad epoche diverse. L'interno custodisce inoltre preziosi affreschi, che ricordano l'epoca d'oro della Badia e che risalgono a periodi differenti, tra il XIII e il XV secolo.
Fra questi sono notevoli, nella navata di destra, la Madonna della Misericordia (1471-1484) e il frammento del Cristo Re (1325-1350).
Intorno alla chiesa – Sempre all'epoca romanica risale il campanile, databile ad una cinquantina di anni dopo. Ma soprattutto è singolare il chiostro, per la sua forma pentagonale, in quanto edificato in due momenti differenti. I primi tre lati, in stile gotico, gli altri, secenteschi, con archi a pieno sesto.
Completavano la struttura la foresteria, del XV secolo, e le abitazioni dei monaci, verso la valle.
Ecco così chiudersi il cerchio intorno a san Gemolo: ne abbiamo ricordato i luoghi e la storia, per ammonire ogni viaggiatore frettoloso o di passaggio per Ganna a ricordare le vicende di questo santo venuto da lontano… addirittura dalla Polonia.