La basilica di san Carpoforo sorge alle pendici orientali del colle Baradello, poco fuori Como. Secondo la tradizione sul luogo, in epoca romana, sorgeva un tempio intitolato a Mercurio, successivamente trasformato in epoca paleocristiana in basilica per collocarvi le spoglie del soldato romano Carpoforo e di altri cinque suoi compagni martirizzati dagli uomini dell'imperatore romani Diocleziano. Scavi archeologici condotti in loco a metà Ottocento hanno riportato alla luce un pavimento in opus sectile costituito da lastre triangolari e romboidali bianche e nere, alcune delle quali sono ora murate sulla parete sinistra della scala che scende alla cripta insieme a tre della decina di iscrizioni romane rinvenute negli scavi.
Al 1040, data della consacrazione, risalgono le parti che arrivano fino al coro e all'attiguo monastero affidato ai monaci benedettini, mentre abside e cripta sarebbero costruite in epoca successiva, reimpiegando anche reperti romani di provenienza funeraria e materiale di epoca medievale.
Alla basilica si accede da due ingressi laterali, uno situato all'interno del cortile dell'antico monastero e l'altro situato sul lato opposto, quello nord. La facciata non presenta ingressi siccome è addossata alla collina, i cui smottamenti l'hanno interrata per metà della sua grandezza, e un esame dell'interno della chiesa conferma infatti l'assenza di un portone d'entrata.
La torre campanaria slanciata risale al XII secolo ed è costituita da un paramento murario in conci regolari di Sasso di Moltrasio, una pietra calcarea proveniente dalle cave del Lario, ed è caratterizzata da quattro specchiature delimitate da lesene angolari e cornici di archetti ciechi tipici del romanico; le aperture sono rappresentate da feritoie nei primi due livelli, monofore nel terzo e trifore a colonnine nella cella campanaria.
L'interno, austero e spoglio, è a tre navate e diviso in cinque campate irregolari ed è dominato da un ampio presbiterio sopraelevato, in cui si inserisce un semplice coro e l'ambone, databili alla seconda metà del XVI secolo, a cui si accede tramite una doppia scalinata. L'abside risulta costruita con una tecnica accuratissima, tramite l'alternanza di pietre bianche e nere che decorano l'ambiente.
Altro elemento caratteristico della chiesa è la presenza dell'abside minore, situata al termine della navatella settentrionale, non intuibile all'esterno perché ricavata nello spessore del muro; ugualmente invisibile all'esterno è il transetto, delimitato internamente dai due grandi arconi della navata centrale.
La cripta, sottostante il presbiterio e destinata nel medioevo ad essere chiesa invernale, è un ambiente ripartito in tre navatelle terminanti in absidiole ricavate in spessore di muro, con tre monofore e piccoli oculi rivolti a oriente; è coperto da volte a crociera con archi acuti sorretti da sei colonnine monolitiche di granito con capitelli scolpiti a fogliami. Dietro al piccolo altare, rivestito in epoca barocca con marmi policromi, si trova l'urna che per secoli conservò le reliquie del vescovo Felice, primo vescovo di Como (IV secolo).
La Cappella rinascimentale dell'Assunta è l'unico ambiente della chiesa in cui compaia una decorazione pittorica, è della seconda metà del ‘500, completamente affrescata con una Madonna in trono fra angeli, San Gerolamo e un Vescovo, rappresentati sullo sfondo prospettico di una città.
