La basilica comasca di San Fedele sorge sulla suggestiva piazza che fu nel Medioevo centro dei commerci cittadini e sede del Mercato del grano. Quest'area della città si presenta con una importante stratificazione storica e archeologica, e su di essa insisteva l'originario centro Episcopale di Como, costituito da tre nuclei monumentali: la Basilica di Sant'Eufemia (precedente l'attuale San Fedele), da San Pietro in Atrio (tuttora esistente nella adiacente via Odescalchi) e dal Battistero di San Giovanni in Atrio (dirimpetto al San Fedele e incluso negli edifici dell'attuali).
Nel 964, sotto il vescovo Gualdone, con gran pompa avvenne la traslazione in Santa Eufemia delle spoglie di San Fedele, uno dei protomartiri comensi insieme a San Carpoforo e ai compagni Cassio, Secondo Esanto e Licinio. Fedele era stato un ufficiale Romano convertito al Cristianesimo e poi martirizzato a Samolaco presso il laghetto di Mezzola, in alto Lago di Como durante la grande persecuzione di Diocleziano del 303-305 d.C. A ricordo del protomartire cristiano comense sorse proprio a Samolaco nell'XI secolo il bell'oratorio romanico di San Fedelino, pervenuto fino ai giorni nostri. Dopo la traslazione venne mutata l'intitolazione della basilica di Santa Eufemia in San Fedele.
La basilica medievale romanica sorse dunque come martyrium e meta di pellegrinaggio sulla tomba di San Fedele fra il X e il XII secolo, a fronte di una importante campagna di rinnovamento e trasformazione della paleocristiana Santa Eufemia. La pianta a tricoro deriva dallo straordinario innesto di una pianta centrale in uno schema longitudinale, con l'aggiunta di due ampi ambulacri orientali aggiunti a nord e a sud dell'edificio che dilatano lo spazio presbiterale: è ormai accertato che lo schema sia stato dedotto dalla Cappella
Palatina di Aquisgrana, e così pure la struttura delle volte, della scansione a due ordini dell'alzato, a cui corrispondono le nicchie e le loggette del magnifico abside, e dei Matronei della navata, esempio pressoché unico nell'area comasca.
Nella sua severa bellezza, la zona absidale s'impone alla vista di chi la ammira da via Vittorio Emanuele, con al centro l'abside poligonale ripartita in tre livelli: l'inferiore con oculi alle nicchie dell'interno; il medio con finestre monofore riferibili al restauro stilistico di fine Ottocento e corrispondente alla galleria absidale interna; il superiore, di coronamento illeggiadrito dalla ammirevole Loggetta con colonnine in marmo Cipollino, che non sopportano in realtà quasi carico alcuno poiché gli architravi radiali che vi si appoggiano sono mensole di bilanciamento del catino absidale che si scaricano sulle colonnine in granito della galleria interna della Chiesa.
Nell'absidiola destra si apre un portale romanico timpanato, detto del Drago con una Sirena al vertice e interessanti Bassorilievi medievali sulle spalle raffiguranti a l'Angelo e Abacuc, Daniele nella Fossa dei Leoni oltre a motivi animalistici, fitomorfici e simbolici come la Chimera, una figura scimmiesca femminile nell'atto di sollevare la veste, il cane che punta la lepre e un grande drago che contende un cranio ad uno più piccolo diversi Draghi.