Sulle pareti dell'abside destra si può osservare un modo completamente diverso di dipingere. Il pittore che ha affrescato questa zona ha voluto lasciare la data e la sua firma – 1531, Bartolomeo da Ponte Tresa – posta sulla strombatura della finestra dell'abside.
Un fitto oblio avvolge gli affreschi di Bartolomeo fino agli anni Cinquanta del Novecento, quando riprendono gli studi. Non si conoscono con certezza gli estremi biografici di questo pittore, documentato dal 17 aprile 1522 e morto prima del 15 ottobre 1557. La ricostruzione della sua attività pittorica è, sostanzialmente, una riscoperta degli ultimi anni. Fu probabilmente allievo di Bernardino Luini.
La parete destra presenta una sequenza di santi; si possono riconoscere da sinistra: S. Bartolomeo, S. Matteo, S. Giovanni Evangelista, S. Luca. Di S. Marco rimangono solo pochi frammenti. Questa teoria di santi è una ripresa dei modelli affrescati dal famoso pittore nella chiesa di San Maurizio al Monastero Maggiore di Milano.
S. Bartolomeo, in particolare, regge con la mano sinistra un cartiglio con la scritta ormai poco leggibile: "ET IN IESU CHR[…]", una parte della frase del Credo. Il suo attributo è il coltello con il quale fu scorticato vivo.
Dopo la finestra, si trova San Matteo. Anche questo apostolo regge un cartiglio con la scritta: "QUI CONCEPTUS EST DE SPIRITU SANTO, NATUS EX MARIA VERGINE". Nell'iconografia, come evangelista, è accompagnato dall'angelo che lo ispira nello scrivere il Vangelo. Come apostolo, i suoi attributi sono il libro e l'alabarda, strumento del martirio.
San Giovanni Evangelista ha il cartiglio: "[…] SPIRITUM SANCTUM ET SANCTAM"; sul cartiglio dell'ultima figura visibile – San Luca – è posta la scritta: "ECCLESIAM [CA]THOLICAM ET APOS[…]".
Nella lunetta soprastante un'Adorazione dei Magi. A sinistra si osservano la Madonna, il Bambino e San Giuseppe all'entrata della grotta da cui spuntano il bue e l'asinello. La Madonna è avvolta in una veste dal colore rosso tenue, tiene in braccio il Bambino; Giuseppe è intento a ricevere un dono da uno dei Re Magi. Come da tradizione, è stato affrescato anche uno dei segni inconfondibili della loro origine orientale, un cammello, collocato dietro a Melchiorre.
La volta a crociera dell'abside è divisa in quattro scomparti con pregevoli decorazioni, rappresentanti i Padri della Chiesa S. Ambrogio, S. Agostino, S. Gerolamo, S. Gregorio Magno e Angeli che reggono gli strumenti della passione.
"Purtroppo ben poco è rimasto; in parte l'umidità, in parte il tempo e l'incuria degli uomini ne hanno determinato il deterioramento; di tutto l'ampio affresco, che doveva coprire la parete, sono oggi visibili solo due angeli di pregevole fattura, sorreggenti infule sacerdotali. Gli odierni lavori hanno fatto emergere altre figure: quella del Cristo inginocchiato per il battesimo (onde si suppone che ci fosse un San Giovanni in piedi, battezzante) e, a destra della parete, altre figure femminili, altrettanto deliziose quanto gli angeli, che stanno sotto alla sinistra", così nel 1974 Farra descriveva la parete di fondo dell'abside destra.
Purtroppo la situazione conservativa odierna è rimasta la stessa, nonostante i restauri succedutisi negli anni. La figura a destra, di rosso vestita, è ben visibile e tiene le mani alzate in segno di stupore e rispetto; richiama nella delicatezza del tratto e dei colori gli altri personaggi che il pittore ha dipinto nell'abside. Quel che resta del paesaggio è un pezzo di roccia sulla destra.
Sull'arco che introduce all'abside destra si trovano nella metà sinistra le immagini di alcune sante – Agnese, Agata, Lucia. Tutte le figure sono racchiuse in tondi bordati di rosso scuro. Altri santi, di cui solo uno è identificabile con certezza, sono rappresentati nel sottarco che divide le due absidi.
Nello zoccolo che corre alla base dell'abside destra si trova ciò che resta della continuazione del Ciclo dei Mesi iniziato nell'abside sinistra. Questi affreschi sono molto deteriorati e solo i mesi di Agosto, Ottobre, Novembre sono parzialmente leggibili. Luglio e Dicembre sono completamente scomparsi. Data la scarsa conservazione e leggibilità si può attribuire la paternità degli affreschi ad un pittore anonimo, vicino forse ai modi di Bartolomeo da Ponte Tresa.
Il mese di Agosto si trova sotto la finestra dell'abside destra; vicino al bordo del riquadro si trova la scritta AGVSTVS indicante il mese. In questo spazio si trova un uomo con una veste di colore blu.
Nel mese di Ottobre – HOCTOBRIS – è raffigurato un uomo leggermente incurvato in avanti. Indossa un cappello e sembra protendere le mani verso qualcosa. Solitamente ad Ottobre è rappresentato un contadino che governa con una mano l'aratro e con l'altra incita gli animali.
Anche nel mese di Novembre – NOVEMBRIS – si intravede il volto di un uomo barbuto con un copricapo rosso; si può notare in modo impercettibile il profilo del naso aquilino.
Un affresco raffigurante S. Clemente si trova sul pilastro centrale che divide le due navate.
Nella parte alta della cornice che racchiude il santo si legge la data 1534. La figura è un po' più rigida nella forma e nei lineamenti del corpo rispetto ai modelli affrescati nell'abside destra. È da osservare soprattutto il rigore della veste bianca che non riesce a delineare con morbidezza e plasticità il corpo; le pieghe e la vita troppo alta fanno sembrare troppo lunghe le gambe. Sopra la veste bianca il santo porta un mantello internamente di colore verde, esternamente color ocra con un bordo bianco e rosso. Solo il mantello è morbido e delicato. Con una leggera ondulazione che esce dai bordi della cornice, riesce a dare un poco di profondità e spessore alla figura. Il volto del personaggio, sormontato da un triregno, è più spigoloso rispetto ai visi ovali dei santi
dell'abside destra.
Vicino all'ingresso della sacrestia sono stati portati alla luce nuovi affreschi che in epoca imprecisata erano stati coperti da alcuni strati di calce. In questi si possono riconoscere una Madonna di Loreto, una Santa Caterina e una Madonna delle Grazie. Una successione cronologica di documenti permette di collocare cronologicamente l'esistenza di questi affreschi.
S. Caterina d'Alessandria era una giovane nobile; i suoi attributi sono la ruota, strumento del martirio, cui possono essere aggiunte la palma, la spada con cui venne decapitata e l'anello del matrimonio mistico.
L'immagine della Madonna col Bambino si riferisce alla leggenda del santuario di Loreto. Essa narra che la Santa Casa – cioè la casa di Maria e Giuseppe a Nazaret dove era venuto l'angelo dell'Annunciazione – venne portata in salvo dagli angeli nel 1291 quando i saraceni cacciarono i cristiani dalla Terrasanta. Essi la depositarono dapprima sulla costa della Dalmazia, ma la sua meta definitiva fu Loreto, nelle Marche.
Gli affreschi vicini alla porta della sacrestia si inseriscono a pieno titolo nel catalogo di Bartolomeo: osservando le figure di Caterina e dell'angelo che regge il modello della chiesa si possono riscontrare evidenti somiglianze compositive tra queste e gli Apostoli della cappella destra. Nonostante questi affreschi siano stati ricoperti da uno spesso strato di calce e abbiano perso parte della loro bellezza originaria, è evidente che rientrano a pieno titolo nell'elenco delle migliori realizzazioni del pittore tresiano.