Oggetto di antichi interventi – Nel 1985 le pareti interne dell'edificio furono ridipinte con del colore a tempera di calce mischiata a caseina, che andava a sovrapporsi ad un'altra mano di colore a tempera, stesa negli anni Trenta del Novecento sullo strato originale settecentesco che, come indicato dai sondaggi stratigrafici, condotti di concerto con l'architetto Astolfi della Soprintendenza, dovrebbe essere rosa, tipico dell'architettura tardo barocca. Nel 2004 l'oratorio fu invece interessato dal rifacimento del tetto, rovinosamente danneggiato da infiltrazioni di acqua che costrinsero al suo recupero con l'integrazione di nuove tegole a quelle vecchie ancora funzionanti.
Il progetto di restauro – E' grazie alla volontà dell' "Arcimboldo" se la chiesa di Induno, in non ottime condizioni conservative, a breve sarà restaurata secondo un progetto stilato dall'architetto Carlo Minazzi, che in concorso con la Sovrintendenza ha individuato gli interventi da effettuare. Il lavoro inizierà con la discialbatura delle pareti interne, allo scopo di riportare alla luce l'antico strato di colore che le caratterizzava, si procederà poi alla rimozione dei molteplici strati di flatting stesi sulle quattro tele riportanti le figure rispettivamente di San Francesco, San Carlo, San Pietro e i Santi Re Magi, e quindi alla sostituzione dei telai lignei completamente marciti di questi dipinti. "Viste le serie patologie che interessano i quattro quadri", dichiara Minazzi, "non è momentaneamente possibile stabilirne né la cronologia né la paternità". Se per i lavori di recupero degli interni è già stata ottenuta l'autorizzazione da Milano, lo stesso non può dirsi per l'affresco di facciata – raffigurante probabilmente un presepio – talmente rovinato da doversi valutare un suo eventuale restauro conservativo. Di certo le pareti del prospetto saranno oggetto di rimozione della polvere adagiatasi nel corso degli anni, mentre il portale di ingresso verrà lavato e sverniciato.
Nelle reliquie l'importanza di questa chiesa – La cura riservata a questa testimonianza del barocchetto lombardo deriva senza dubbio dalla rarità della sua dedicazione, è infatti una delle poche architetture dell'Europa occidentale ad essere consacrata ai Re Magi, ma in particolare dalla conservazione che offre ad alcune reliquie di questi santi sovrani, che, per interessamento del cardinal Ferrari furono portate a Milano dalla cattedrale di Colonia e donate nel 1963 a Induno dalla Curia milanese.
Problema di finanziamenti – Il compito più difficile spetta all'associazione promotrice che in questi mesi si adopererà, anche attraverso l'organizzazione di concerti e di manifestazioni culturali, nella raccolta di fondi presso enti, istituti di credito e privati per far fronte alle ingenti spese necessarie alla realizzazione dei lavori di restauro.