La versione all'alba – L'autografia del quadro Johnson (Lawrenceville, USA), anche secondo quanto è possibile leggere nel volume di Maurizio Marini, è accertata sia dall'altissima qualità sia dalle peculiarità tecniche quali si ravvisano alle indagini scientifiche (raggi x e riflettografie). Questi metodi di analisi non invasivi rivelano alcuni significativi pentimenti in corso d'opera validi ai fini dell'originalità dell'invenzione artistica. L'iconografia "tenebrosa" di questo Sacrificio (diversa da quella diurna degli Uffizi) è nota sin dagli studi di Juan Ainaud de Lasarte del 1947. Quest'ultimo portava in campo critico la ricca documentazione relativa ai quadri del Caravaggio pervenuti ab antiquo in collezioni spagnole e un buon numero di copie che attestavano la "versione scura" del Sacrificio di Isacco, il cui originale è stato reso noto nell'89 dalla Gregori ("Il Sacrificio d'Isacco: un inedito e considerazioni su una fase savoldesca del Caravaggio", 1989).
La versione notturna – Con provenienza da collezione napoletana, la versione ‘notturna', oggi a Modena in collezione privata, è passata per una vendita Christie's a Roma del 13 aprile 1989, quale copia dal Caravaggio. Passata al vaglio da Maurizio Marini, venne analizzata ai raggi x a causa dell'ossidazione della superficie pittorica che ne rendeva difficile la piena lettura e la formulazione di ipotesi attributive. Attraverso i metodi di indagine, venne evidenziato, nella zona inferiore, centrale, in basso, un ampio pentimento nella mano di Abramo, dove il coltello era stato soprammesso in corso d'opera
Museo della cattedrale di Toledo
secondo una peculiarità tecnica del Caravaggio. Solo dopo il recente restauro e la conseguente pulitura ad opera di Marta Galvan, è stato possibile approfondire l'identificazione dell'opera; il lavoro dei restauratori, infatti, ha comportato, oltre alla rifoderatura, la rimozione delle vernici antiche e delle debordanti ridipinture sette-ottocentesche, cosa che ha permesso il riaffiorare delle materie cromatiche stese con scorrevolezza, nonché delle riprese con lo stilo e di numerosi elementi tecnico-formali che connettono le soluzioni visive di questa stesura con quella Johnson, oggi a Lawrenceville, ormai acquisita agli studi caravaggeschi con cronologia al 1597-1598. L'autografia del Sacrificio di Isacco è accolta dal Marini che, in rapporto alla datazione del 1601 del San Giovanni Battista coi rovi di Toledo, conferma tale cronologia anche per l'Isacco Johnson.
Il confronto – Il confronto tra le due versioni autografe, Johnson e Modena, conferma, secondo il Marini, la loro realizzazione in contemporanea. Quale metodo di lavoro aveva seguito il Caravaggio per trascrivere i modelli sulle tele? Secondo lo studio del Marini è presto detto: nella stanza romana del Merisi erano state posizionate due tele dall'imprimitura scura già stesa e di misure identiche, dal cui campo mediano era visibile il modello da riportare in pittura. Il Merisi non si valeva del graticcio accademico ma procedeva a mano libera sulle due superfici. Con tale praxis operativa, la condotta era parallela e quindi erano gli stessi anche i pentimenti in corso d'opera e le correzioni. È l'indagine radiografica, infine, ad addurre molti elementi di valutazione circa la genesi iconografico-temporale di ambedue le versioni del Sacrificio.