prospetto anteriore
Le prime notizie storiche si hanno dalla visita pastorale compiuta da San Carlo Borromeo nel 1574. Per la chiesa di Santa Maria, detta Madonnina in Prato, disponeva in questo senso: "Si provveda d'un paramento bianco di seta, cioè: palio, pianeta, stola, manipolo, amitto con camiso; di tovaglie quattro, due grandi e due piccole etc. si orni di pittur tutta la chiesa; si faccia, con comodità, fornir le due cappelle che sono in questa chiesa. Si faccia far una finestra nella cappella grande con la ferada, perché li viandanti possino pigliar da essa la divozione…".
Il cardinal Ferrari, nelle visite pastorali del 1899 e 1907, faceva notare che la chiesa "non è consacrata: ha due cappelle dedicate ai Re Magi e a San Carlo, ha come titolati Maria Nascente ed i Ss. Re Magi, e l'affresco in coro oggetto di grande venerazione, è deteriorato".
La cappella della Madonna. In origine questa cappella era denominata dei Re Magi perché al posto dell'affresco che oggi si vede vi era un dipinto ad olio di Camillo Procaccini raffigurante proprio la Madonna col bambino in atto di ricevere i doni dai re magi (oggi nella parrocchiale di Biumo Inferiore). In alto, sulla cornice lignea, si riesce ancora a leggere l'iscrizione Procidetes adoraverunt eum.
Così si comprende perché le pareti laterali presentino due affreschi del 1667 con la Strage degli innocenti, eseguiti da Antonio Busca, allievo del Nuvolone.
L'affresco oggetto di devozione, contornato da una severa cornice lignea, raffigura la Vergine seduta su di un trono dalla spalliera riccamente decorata, con in
grembo il Bambino il quale sorregge con la mano destra un piccolo globo crucisignato. Di gusto tardogotico, le linee dei volti sono tratteggiate con semplicità, naturalezza e molta grazia. È possibile che durante i restauri degli anni 1930 l'affresco sia stato trasportato dal coro in questa cappella e circondato da una gloria di angeli. È stato scritto che l'affresco risale agli inizi del XV secolo, probabilmente parte di una di quelle cappellette o edicole che la pietà popolare costruiva sui sentieri di campagna.
Cappella di San Carlo. San Carlo nella sua visita esortava di "fornir due cappelle della chiesa di Santa Maria detta in Prato". Dieci anni dopo, il Santo moriva ed il 21 ottobre 1610 veniva elevato agli onori degli altari. Forse in memoria di questa visita, la cappella di destra fu dedicata a lui. La tela incorniciata da una notevole opera lignea secentesca, è del Lampugnani, così pure gli affreschi sulla volta e sulle pareti che rappresentano episodi della Vita del Santo, tra cui l'attentato avvenuto il 26 ottobre 1569. Come si può vedere sulla colonna di sinistra, gli affreschi vennero completati nel 1619.
Sull'arco della cappella si trova al centro lo stemma del Santo col motto Humilitas i simboli delle quattro virtù cardinali: Fortezza, Prudenza, Giustizia, Temperanza, con le relative massime bibliche.
Il Presbiterio. Sui quattro pilastri che fiancheggiano le balaustre, vi sono affreschi di distinta bellezza con i Santi Defendente, Alessandro, Vittore e Maurizio, tutti martirizzati sotto l'imperatore Massimiano.
L'altare è del Settecento, un vero gioiello d'arte per la preziosità dei marmi policromi, che ricalca in dimensioni ridotte l'altare maggiore di San Vittore.
La volta del presbiterio e la navata sono decorati da motivi ornamentali barocchi di classica eleganza e morbidezza di linee. Sulla porta centrale all'interno la data indica il 1758.
La cupola è affrescata ai quattro angoli con le figure dei profeti che hanno parlato di Maria, Michea, Baruch, Geremia e Osea. Nella tazza della cupola, teorie di angeli dalle vesti svolazzanti, con strumenti musicali (trombe, arpe, perfino un rudimentale organo) intonano inni di giubilo alla Vergine che sale al cielo per ellere coronata di gloria. Nell'insieme c'è movimento, vita, grazia, senso di accurata prospettiva, così da far sembrare che la cupola di innalzi all'infinito verso il cielo. È opera di Antonio Busca che ha terminato il suo lavoro nel 1667 come si può notare sulla finestra rotonda a sinistra.
Per quanto riguarda la facciata barocca, tra le più interessanti del varesotto, da documenti d'archivio si sa con certezza che è stata eseguita tra il 1678 e il 1686 in pietra arenaria di Viggiù. È stata addossata alla chiesetta preesistente formando così un ampio pronao dall'elegante arco trionfale, sostenuto da salde cariatidi.
In cima alla facciata spicca la statua della Vergine Immacolata tra due angeli musici. Nelle due nicchie San Gioacchino e San Giuseppe. Sopra il portone d'ingresso vi è l'affresco con la Deposizione del Signore.