Lottizzazione dei lavori – Dal 1999 al 2007 sono stati effettuati interventi di pre – consolidamento, pulitura e reintegro pittorico degli intonaci e degli affreschi delle pareti interne e del prospetto, quest'anno è invece la volta dell'organo del 1902, in restauro presso Gianni Mascioni. L'architetto Carlo Minazzi nel frattempo sta preparando le tavole in cui presenterà alla Sovrintendenza i lavori di ultimazione del restauro, ossia la pulitura delle facciate laterali e absidale. Da ultimo sono in progetto dei saggi stratigrafici volti a rilevare l'esistenza di eventuali pitture in controfacciata, in corrispondenza della parete celata dall'organo.
Una chiesa multistratificata – "Risale alla fine del '400 – inizi del '500, ma si ritiene", afferma Minazzi, " che l'edificio insista su una chiesa di più antica fondazione. Fra XVII e XIX secolo fu oggetto di tre ampliamenti, uno per ogni secolo, l'ultimo dei quali fu progettato da Carlo Maciachini. La decorazione pittorica interna è risultato del lavoro di più generazioni, rimonta, infatti, al Settecento e prosegue fino agli anni Venti del secolo scorso. La più recente, realizzata da Angelo Comolli – autore delle pitture del Palazzo di Giustizia di Varese e di quelle dell'edificio della Borsa di Milano – propone una tinteggiatura finto – settecentesca stesa con tempera a calce su muri vecchi, inevitabilmente soggetta al rapido sgretolamento.
Tra vecchi e nuovi interventi: tanti funzionari – Vent'anni fa furono eseguiti i primi restauri sulle volte delle quattro crociere ai lati dell'altare, secondo un intervento di carattere filologico che fu condotto dall'architetto Carlo Alberto Lotti, di concerto con l'allora funzionario della Soprintendenza, responsabile per la zona di Varese e provincia, il dott. Mulazzani. La recente campagna di restauro, diretta dall'architetto Minazzi, ha visto, invece, il susseguirsi di numerosi ispettori e funzionari che hanno imposto la propria visione di restauro. A partire da Rinaldi, con il quale, agli inizi dei lavori nel '99, impose un ragionamento inverso a quello svolto per la chiesa dei Re Magi a Induno (i cui restauri inizieranno a breve), vale a dire la conservazione dell'ultimo strato pittorico, realizzato dal Comolli alla fine degli anni Venti del Novecento, perché riproponente quello originale settecentesco. Sulla stessa linea Giancarlo Borellini, l'attuale docente all'Università dell'Insubria Andrea Spiriti, il suo successore attuale Isabella Marelli, cui si è aggiunto più di recente anche il parere positivo dell'architetto Stolfi, per ciò che concerne le questioni architettoniche.
Conservazione ibrida di una particolare iconografia – E' con Stolfi e la Marelli che si è deciso di conservare le diverse parti costituenti l'affresco di facciata, raffigurante San Giovanni: quella più antica è del Settecento, quella più recente fu realizzata dal Comolli nel 1929 con colori a olio su muro, che ripropose in parte l'iconografia settecentesca sottostante stesa con tecnica a fresco. Il risultato fu dunque questo: volto, braccia e tronco del santo rimasero novecenteschi, del Settecento rimasero in evidenza le gambe. "Quel che più colpisce della figura del Battista rappresentato in facciata", sottolinea Minazzi, "è, tuttavia, la sua iconografia: non si tratta della tradizionale figura barbuta in atto di predicare o di amministrare il Battesimo a Cristo, ma di una persona dai tratti femminei assisa su di una roccia, la cui funzione", chiosa l'architetto, "sarebbe interessante studiare, per comprendere il significato del suo particolare uso nella chiesa di Induno".
Due grandi tele – "Altrettanto interessanti ai fini della ricerca storico – artistica e stupefacenti in quanto a dimensioni", dichiara il direttore dei lavori, sono due dipinti di circa 7 x 3,5m che decorano le pareti laterali interne dell'edificio". Si tratta di due quadri raffiguranti il Battesimo di Cristo e la Predicazione di San Giovanni Battista, sottoposti a pulitura in loco, dei quali si conosce per ora solo l'autore, un pittore già preside della Reale Accademia di Torino ai tempi del Fascismo – ma dei quali sarebbe importante motivare commissione e localizzazione all'interno della chiesa parrocchiale di Induno.
Diversi finanziatori – Non si deve dimenticare che accanto alla corposa èquipe scientifica che ha progettato il restauro dell'edificio ecclesiastico hanno agito altri attori che sono stati sostegno fondamentale dell'intera impresa, in primis il parroco Don Marelli, promotore dell'iniziativa di restauro, quindi il finanziamento economico, consistito prevalentemente in fondi parrocchiali, contributi privati e finanziamenti della fondazione Cariplo la quale ha sostenuto il restauro del complesso absidale, l'affresco della navata centrale e quelli raffiguranti i santi Pietro e Paolo, attribuibili, secondo Andrea Spiriti, alla mano del Ronchelli.
